توجد بعض الآثار السلبية المحتملة لاستخدام البرمجة اللغوية العصبية، وهي:
1- الاعتماد الزائد على البرمجة اللغوية العصبية لحل المشاكل المعقدة بدلاً من العمل على تعزيز القدرات والمهارات الفردية.
2- تحويل الاهتمام والتركيز إلى البرمجة اللغوية العصبية عن المهارات الأخرى التي يمكن أن تكون مهمة أيضًا.
3- عدم قدرة الأفراد على تطوير مهارات التفاوض والاحتكاك الاجتماعي، نظرًا للاعتماد على البرمجة اللغوية العصبية في التفاعلات.
4- احتمالية حدوث خطأ في البرمجة اللغوية العصبية، الأمر الذي يمكن أن يؤدي إلى توجيه الأشخاص في الخطأ أو إضاعة وقتهم في الحصول على معلومات غير صحيحة.
5- احتمالية حدوث تعليمات خاطئة للمستخدمين أو تفسير غير صحيح لإجابات البرمجة اللغوية العصبية ، مما يؤدي إلى استغلال الأفراد وإضعاف قدراتهم.