بعض عيوب هندسة البرمجيات تشمل:
1- المنهجية الصارمة لهندسة البرمجيات قد تسبب عبئًا زائدًا على فريق التطوير، وقد تعيق الإنتاجية في بعض الأحيان.
2- قد تفشل ممارسات هندسة البرمجيات في تلبية متطلبات العملاء، ولذا قد يتم تكرار عملية التطوير عدة مرات.
3- قد تكون هناك صعوبة في تقييم جودة البرمجيات، عندما يتم استخدام عدة منهجيات وأدوات في العملية التطوير.
4- يمكن أن تكون هناك صعوبة في إعادة استخدام البرمجيات، نظرًا لتعقيد هندسة البرمجيات وتفاوت متطلبات كل تطبيق.