يواجه علم المساحة العديد من المشكلات التي تشمل:
1- قياسات غير دقيقة وغير دقيقة في المساحة.
2- وجود عوائق طبيعية مثل الجبال والأنهار والغابات والمستنقعات التي تجعل من الصعب الوصول إلى المناطق المراد قياسها.
3- الحاجة إلى تقنيات متطورة للقياسات والتحديدات المتعلقة بالمساحة.
4- عدم التوافق بين البيانات المقدمة من مصادر مختلفة، مما يؤدي إلى الخطأ في الحسابات.
5- التدخل البشري في الطبيعة البرية وتغييرها، والذي يؤثر بشكل كبير على الدقة والموثوقية البيانات المسحية.