تعدّ نقاط ضعف المحاسبة الحكومية من بين العوائق التي تحد من تطوير الإدارة المالية في الحكومات، ويمكن بيان أهم تلك النقاط على النحو التالي:
1- قد يواجه المحاسبون الحكوميون صعوبة في تحديد المصادر المالية، وبالتالي قد يسهم ذلك في ارتفاع معدلات الفساد والتحايل على النظام المحاسبي.
2- تكون بعض الشركات والمؤسسات الحكومية ذات طابع دائم أو فرعي، وقد لا يتبين حجم الإنفاق الإجمالي أو العوائد المالية المتعلقة بها.
3- غالبًا ما تُجبر المنظمات الحكومية على الإبقاء على سجلات دقيقة للإنفاق والعوائد، وهو ما يتطلب إنفاق جهود كبيرة في تدقيق هذه السجلات وفحص صحتها.
4- قد تتضمن المحاسبة الحكومية التحقق من وجود قواعد ولوائح حكومية محددة وذلك يمكن أن يستلزم جهوداً إضافية لإنفاذ هذه القواعد ومتابعتها، ويمكن أن تعوق عملية التقييم والمراجعة.
5- إن أي تغيير في السياسة الحكومية، قد يتطلب تحديث في التقارير المالية والمحاسبية، وذلك يمكن أن يستلزم عملية إعادة التخطيط والتدقيق في العملية المحاسبية بأكملها.
6- يمكن لبعض المؤسسات الحكومية أن تصرف أو تتظاهر بأنها تخفي عوائد غير مشروعة، وهذا يمكن أن يؤثر على سلاسة العملية المحاسبية.