1- دقة النتائج: حيث يعطي الفحص الجزيئي نتائج أكثر دقة من الفحوصات التقليدية.
2- سرعة التشخيص: حيث يمكن إجراء الفحص في فترة وجيزة، بخلاف الفحوصات التقليدية التي تحتاج إلى وقت طويل للحصول على نتائج.
3- استهداف دقيق: حيث يقوم الفحص الجزيئي بالتمييز بشكل دقيق بين مختلف المركبات الجزيئية الموجودة في العينة المراد فحصها.
4- مرونة الفحص: حيث يمكن تطوير فحوصات جزيئية جديدة بشكل سريع وبتكاليف منخفضة، وهذا يجعل الفحص الجزيئي أكثر مرونة من الفحوصات التقليدية.
5- الكفاءة التكلفة: حيث يعتبر الفحص الجزيئي أكثر كفاءة من حيث التكلفة ويوفر على المرضى والمستشفيات تكاليف إضافية.