تعاني اللاجئين المسلمين من عدة قضايا وتحديات تشمل:
1- التمييز العنصري والإسلاموفوبيا: يواجه المسلمون المهاجرون واللاجئون تمييزًا عنصريًا وتحريضًا على الكراهية والكراهية والعنف تجاههم بسبب دينهم وثقافتهم.
2- ضعف الحماية القانونية: كثيرًا ما يجد اللاجئون والمهاجرون صعوبة في الحصول على الحماية القانونية المناسبة، بسبب صعوبات تتراوح بين صعوبة فهم النظام القانوني وعدم توفير الإرشادات الكافية.
3- قلة الرعاية النفسية: يعاني العديد من اللاجئين المسلمين من مشاكل نفسية بسبب الصدمات النفسية التي تركها الحرب والجوع والعنف في بلادهم.
4- الفقر وعدم الاستقرار الاقتصادي: يواجه اللاجئون المسلمون صعوبة في الحصول على فرص عمل مناسبة وعلى وسائل الرفاهية الأساسية والمغذية.
5- قطع علاقات العائلة: بسبب الحرب والعنف في بلدانهم، يجد بعض اللاجئين المسلمين صعوبة في الحفاظ على علاقاتهم الأسرية والاجتماعية، وبالتالي يعانون من الاكتئاب والعزلة.