تعتبر عيوب نظم المعلومات المحاسبية وجود بعض النقاط السلبية والتحديات، ومن هذه العيوب:
1- ارتفاع التكلفة: قد تكون تكلفة بناء وتطوير نظام محاسبي جيداً باهظة وغير ميسورة لبعض الشركات الصغيرة والمتوسطة.
2- التعقيد: قد يصعب على بعض المستخدمين فهم وتشغيل بعض الأنظمة المحاسبية الحديثة، بسبب حداثة البرامج وتعقيدها.
3- الفشل في التحديث: يعيش بعض النظم المحاسبية لفترات طويلة دون أن يتم تطويرها أو تحديثها، مما يجعلها تفقد فعاليتها وجدواها العملية.
4- الثغرات الأمنية: مشكلة مهمة، حيث يستطيع الهاكرز اختراق أجهزة الكمبيوتر والسرقة للبيانات الحساسة ومعلومات المستخدمين.
5- التحول الورقي: قد يصعب على المحاسب تحويل جميع العمليات الورقية إلى نمط إلكتروني، بسبب العمل الإضافي والتعقيد الذي يتطلبه ذلك.