يوجد بعض العيوب للبروتين النباتي وهي:
1- ضعف بعض الأحماض الأمينية الموجودة في البروتينات النباتية مما يتطلب تعويضها بإضافة مصادر غنية بهذه الأحماض.
2- تحتوي البروتينات النباتية على نسبة قليلة من الأحماض الأمينية الأساسية، وهي التي لا يمكن للجسم تصنيعها ويجب اعتماد الجسم على الأغذية للحصول عليها، والتي يمكن توفيرها من خلال تناول مصادر بروتين نباتية مختلفة.
3- عدم امتصاص البروتين النباتي بشكل سريع وسهل من قبل الجسم بسبب وجود بعض المركبات المانعة من الامتصاص أو الهضم.
4- قد يحتوي البروتين النباتي على مواد مثبطة للهرمونات الغدهيّة التي تحمّل جريان الدم والتي يعتمد عليها تنظيم مختلف وظائف الجسم.