تشمل العيوب الرئيسية لاستخدام الترجمة الذاتية في الترجمة، ما يلي:
1- جودة الترجمة: قد لا تكون جودة الترجمة الناتجة من استخدام الترجمة الذاتية عالية بما فيه الكفاية، وذلك نظرًا لوجود أخطاء وتراجم غير دقيقة.
2- عدم الإحترافية: يمكن أن يفتقر إلى الإحترافية التي تحتاجها المستندات المترجمة التي قد تحتاج إلى التعديلات والمراجعة الإنسانية البشرية.
3- عدم قدرة الترجمة الذاتية على التفسير: قد تعتمد الترجمة الذاتية بشكل رئيسي على اللغة والمترادفات وقد لا تستطيع الترجمة الذاتية فهم التفاصيل الثقافية والاجتماعية المثل العام في النص المراد ترجمته.
4- قد يكون من الصعب إظهار النغمة الصحيحة: قد يكون من الصعب ترجمة النغمة والمعاني الإيمائية بدقة، كما يمكن أن تنتج هذه الميزة في إخفاء المعاني الحقيقية للنص الأساسي.
5 – قد تؤدي الترجمة الذاتية إلى فقدان المعاني الأصلية: قد لا يستطيع نظام الترجمة الذاتية تلقائيًا فهم الاختلافات الثقافية أو البراعة اللغوية، مما يؤدي إلى فقدان بعض المعاني الأصلية للنص المترجم.