توجد بعض العيوب في استخدام التحكم الآلي، ومنها:
1- تكلفة الاستثمار العالية: يتطلب استخدام التحكم الآلي تكلفة عالية للتحكم والبرمجة والصيانة والتدريب.
2- خطر الأمان: قد يتعرض التحكم الآلي للاختراق من قبل القراصنة الإلكترونيين أو الهاكرز، مما يؤثر على مصداقية وأمان النظام.
3- قدرة الإنسان على التعامل مع النظام: قد يصعب على بعض الأشخاص التعامل مع نظام التحكم الآلي وفهمه وتشغيله، مما يتطلب تدريب متخصص.
4- الصيانة الدورية: يتطلب التحكم الآلي صيانة دورية وتحديثات منتظمة للبرمجيات والأجهزة، وهذا يتطلب تكلفة إضافية.
5- تركيبات معقدة: تتطلب بعض أنظمة التحكم الآلي تركيبات معقدة وصعبة الإدارة، مما يتطلب خبرة تقنية متخصصة.