توجد بعض العيوب في استخدام الإحصاء النفسي، من بينها:
1- قد تكون النتائج غير دقيقة في بعض الأحيان بسبب عدم قدرة المشاركين على تعبير كامل أو صحيح لمشاعرهم.
2- قد يكون هناك تأثيرات مضادة أو مجموعات متباينة في العينة المدروسة، مما يؤثر على النتائج.
3- يتطلب الإحصاء النفسي وقتًا وجهدًا كبيرين في تحليل البيانات وتفسير النتائج.
4- يتطلب الإحصاء النفسي مهارات تحليلية وإحصائية عالية، مما قد يجعله متاحًا للخبراء أكثر من العامة.