هناك عدة طرق لمكافحة الآفات في إنتاج العسل، ومن بينها:
1- استخدام العسل الصناعي: وهو العسل المصنع بشكل صناعي ولا يحتوي على الشوائب والجراثيم والبكتيريا التي قد تتسبب في تدمير المستودعات.
2- التحكم في درجة حرارة المستودعات: حيث يتم الحفاظ على درجة حرارة المستودعات مناسبة وذلك عن طريق التهوية وإتاحة إمكانية دخول الهواء النقي المنعش.
3- التحكم في الضوء: يجب تقليل تعرض المستودعات للضوء الشديد والحرارة العالية المستمرة.
4- الحفاظ على نظافة المستودعات: يجب تطهير المستودعات والمعدات المستخدمة في عملية الإنتاج بشكل دوري.
5- استخدام المبيدات الحشرية: يستخدم بعض الزراعيين المبيدات الحشرية الطبيعية والكيميائية للحد من الآفات والحفاظ على نوعية العسل المنتج. ولكن يجب الحرص على استخدامها بحذر وتجنب استخدام المبيدات الكيميائية الضارة للبيئة والإنسان.