يمكن تشغيل نظام التحكم الآلي بعدة طرق، ومن أهمها:
1- البرمجة المباشرة: تتمثل في كتابة البرامج والتعليمات المناسبة باستخدام لغة البرمجة المناسبة لنظام التحكم المستخدم.
2- استخدام واجهة التشغيل: وهي عبارة عن شاشة تعمل باللمس وتسمح بإدخال التعليمات والمعلومات ومراقبة العمليات المختلفة في النظام.
3- استخدام أجهزة التحكم الآلي: وهي أجهزة صغيرة مثل الريموت كنترول والكمبيوتر الصناعي ويمكن استخدامها في التحكم بالمنظومات المختلفة.
4- استخدام الحساسات والمفاتيح: والتي تمكن من تشغيل النظام عن طريق تحريك مفتاح أو زر، أو استشعار وجود أو غياب حركة في المنظومة المراقبة.