هناك عدة طرق لتحديد الحمض النووي في كائن وحيد الخلية، ومنها:
1- التضخيم البصري: حيث يتم تضخيم نسخة من الحمض النووي باستخدام تقنية PCR، ثم تلوينها بواسطة صبغات مختلفة لإظهارها بوضوح تحت المجهر.
2- الهجرة الجلدية: حيث يتم وضع مقاطع من الحمض النووي على جل مركب من الأجاروز والأكريلاميد، ثم يتم تطبيق جهد كهربائي لإجبار المقاطع على التحرك وفق حجمها وشحنتها الكهربائية، وبذلك يتم الكشف عن الحمض النووي.
3- الجزئية تحت الذرية: وهي تقنية حديثة يمكنها تحليل الحمض النووي بدقة عالية على المستوى الجزيئي تحت المجهر الإلكتروني، ويستخدم هذا النهج في دراسة البنية الثلاثية والرباعية الأبعاد للحمض النووي، وكذلك تحديد الجينات في الكائنات الحية بدقة عالية.