تقنيات إدارة المخلفات في هندسة التربة المائية تشمل:
1- تخزين المخلفات الصلبة في مواقع مخصصة: حيث يتم جمع المخلفات الصلبة ونقلها إلى مواقع تخزين مخصصة، والتي تحتوي على أسطح مغطاة وتنظيمية من أجل تفادي تسرب المواد الضارة منها.
2- معالجة المخلفات الصلبة: يتم عادة معالجة المخلفات الصلبة بطرق مختلفة مثل الفصل الكهروستاتيكي والتحاليل الكيميائية الحيوية.
3- دفن المخلفات الصلبة: عند عدم وجود خيارات للمعالجة، يتم من خلاله إدراج المخلفات في أماكن التخزين الدائم حتى يتم تحويلها إلى مخلفات صلبة وصلبة لاحقاً.
4- ترشيد استخدام المياه: حيث يتم الترغيب في المجتمعات المحلية على القليل من استهلاك المياه وعدم التلوث بها من خلال تشجيعهم على الاستخدام الصحيح لها.
5- بناء منشآت لمعالجة المخلفات السائلة: يتم تجميع المخلفات السائلة في محطات المعالجة وتنقيتها وتحويلها إلى مياه صالحة للإستخدام والري.
6- تحسين المساحات الخضراء: عن طريق زراعة النباتات وتشجيعها لتحسين حالة التربة.