تختلف تفاعلات المواد الكيميائية الموجودة في المياه العذبة والمالحة، وتعتمد على نوعية وكمية المواد الموجودة في المياه، ومن بين هذه التفاعلات:
1- تفاعل الأملاح الموجودة في المياه المالحة مع المواد الكيميائية الموجودة في الماء العذب، مثل تفاعل الأملاح مع الصوديوم والبوتاسيوم والكالسيوم والمغنيسيوم وغيرها من العناصر الموجودة في المياه العذبة.
2- تفاعل المواد العضوية الموجودة في المياه العذبة والمالحة، مثل البكتيريا والفطريات والطحالب والنباتات المائية، والتي تؤثر على تركيب المياه وخصائصها.
3- تفاعل الأيونات الموجودة في المياه، مثل تفاعل الكلوريدات والكربونات والبيكربونات مع الكالسيوم والمغنيسيوم والحديد والألومنيوم، وهذه التفاعلات يمكن أن تؤدي إلى تغيير خصائص المياه وخصائصها الكيميائية والفيزيائية.