تطبيقات المونوكروماتوغرافيا متنوعة وتشمل:
1- فصل وتنقية المركبات الكيميائية الطبيعية والصناعية.
2- تحليل محتوى الأدوية والعقاقير.
3- تحليل أدوية العيون.
4- فصل البروتينات والإنزيمات وتنقيتها من المزيج.
5- تحديد الصيغ الكيميائية للمركبات العضوية والمعادن.
6- فصل الهرمونات وتنقيتها من المصل الدموي.
7- تحليل عينات البول لاكتشاف الأمراض الكلوية.
8- تحليل أدوية الأعشاب.
9- تحليل السموم والملوثات البيئية.
10- دعم البحوث الطبية والصناعية والجودة.