تطبيقات الرياضيات المتقطعة كثيرة ومتنوعة، ومن بينها:
1- تطبيق الرياضيات المتقطعة في الإشارات الرقمية والموسيقى والصور: حيث يتم استخدام الرياضيات المتقطعة لتشفير وفك تشفير الإشارات الرقمية المستخدمة في تسجيل الصوت والفيديو والصور الرقمية.
2- تطبيق الرياضيات المتقطعة في العلوم الطبيعية والهندسة والإحصاء: حيث يتم استخدام الرياضيات المتقطعة في التحليل الإحصائي للبيانات وبناء النماذج الرياضية والتحليل الرياضي لنظم الهندسة المدنية والميكانيكا والتحكم الآلي.
3- تطبيق الرياضيات المتقطعة في الاقتصاد: حيث يتم استخدام الرياضيات المتقطعة في تحليل البيانات الاقتصادية وبناء النماذج الاقتصادية.
4- تطبيق الرياضيات المتقطعة في علوم الحاسوب: حيث يتم استخدام الرياضيات المتقطعة في تحليل الخوارزميات وبناء النظم الحاسوبية وتطوير البرمجيات وتحسين أداء المعالجات والشبكات.
5- تطبيق الرياضيات المتقطعة في الألعاب الإلكترونية: حيث يتم استخدام الرياضيات المتقطعة في تصميم وتطوير ألعاب الفيديو وتحسين الرسوميات والأصوات المستخدمة في هذه الألعاب.