تطبيق إدارة المشاريع في القطاع الحكومي يواجه العديد من التحديات من بينها:
1- البيروقراطية: العديد من الحكومات تعاني من المساطر البيروقراطية التي تجعل عملية إدارة المشاريع أكثر صعوبة.
2- تغيير الاتجاهات السياسية: يمكن عرقلة العملية التنفيذية للمشروع بسبب التغييرات السياسية وتحويل الاهتمام إلى أولويات أخرى.
3- العجز في الموارد: غالبًا ما يواجه المشاريع الحكومية نقصًا في الموارد المادية والبشرية والفنية الضرورية لتنفيذ المشروع بأكمله.
4- عدم وضوح الأهداف: قد يحدث خلل في اتفاقية/ترتيبات العمل بين مديري المشاريع والمؤسسات الحكومية الأخرى، مما يؤدي إلى عدم وضوح الأهداف والمسؤوليات في تنفيذ المشروع.
5- التعامل مع المصالح المتعارضة: يتطلب إدارة المشاريع الحكومية التعامل مع مصالح متعددة، مما قد يؤدي إلى تشتيت الجهود والتأخر في التنفيذ.