تحديات استخدام البرمجة اللغوية العصبية تشمل:
1- البيانات غير المتاحة بكميات كافية: يعتمد النموذج اللغوي العصبي على كميات كبيرة من البيانات لتدريبه وتقوية أدائه. ولكن في بعض الحالات، المعلومات المتاحة غير كافية، وبالتالي قد يؤدي ذلك إلى تحسين أداء النموذج.
2- ضرورة تدريب النموذج: دورة تدريب النموذج اللغوي العصبي مكلفة وتأخذ وقتًا طويلاً ، من حيث جمع البيانات وتحضيرها وتجهيزها وتدريب النموذج بشكل صحيح. وبالتالي قد يؤدي ذلك إلى بطء عملية تطوير التطبيقات.
3- مشكلة النصوص غير الصحيحة: يتعرض النموذج اللغوي العصبي لمشكلة بالنسبة للنصوص غير الصحيحة أو النصوص التي تحتوي على أخطاء إملائية أو نحوية أو تعبيرية، والتي يصعب فهمها بواسطة النموذج.
4- قدرة النموذج على العاملية: تواجه النماذج اللغوية العصبية تحديًا في العمل مع أنواع مختلفة من النصوص وجعلها قابلة للتعميم ؛ حيث أن النموذج الذي تم تدريبه على نوع محدد من النصوص قد لا يكون قادرًا على التعامل مع أنواع مختلفة من النصوص.
5- احتياج النموذج للتحديث: يعتمد النموذج اللغوي العصبي على البيانات التي تم جمعها وتحليلها في وقت معين، والتغيرات في لغة المستخدمين يمكن أن تؤدي إلى ازدياد احتياج النموذج للتحديث.