تحديات إدارة المكتبات المدرسية تتضمن:
1- تحدي تحديث المجموعات الكتابية وتقديم الكتب والمواد التعليمية التي تناسب المناهج الدراسية الحالية والتحولات التكنولوجية.
2- تحدي توفير موارد مالية كافية لتحديث المكتبات وشراء الكتب والمواد التعليمية الحديثة.
3- تحدي بناء فريق عمل مدرب وقادر على إدارة المكتبات وتحديثها بشكل فعال.
4- تحدي تحسين الجودة والوصولية لخدمات المكتبة وجعلها تتوافق مع متطلبات الطلاب والمعلمين.
5- تحدي تحسين التكنولوجيا المستخدمة في إدارة المكتبات وتوفير الوصول السهل للموارد الإلكترونية والطباعية.