تؤثر الكيمياء الحيوية على المواد الطبيعية عن طريق تفاعلاتها وتفاعلات الكائنات الحية مع هذه المواد. فعلى سبيل المثال، يمكن للكائنات الحية أن تستخدم مواد طبيعية مثل النباتات والحيوانات والمياه في أنظمتها الحيوية، وتقوم بتفكيكها وتحويلها إلى مركبات مختلفة باستخدام الإنزيمات والكائنات الحية الدقيقة.
كما يمكن للكيمياء الحيوية أن تؤثر على خصائص المواد الطبيعية، حيث يتم دراسة تفاعلات المركبات الطبيعية مع المواد الكيميائية الصناعية والعكس بالعكس. ويمكن أن تؤثر التفاعلات الكيميائية على خصائص المواد الطبيعية مثل الطعم والرائحة واللون والقوة والمتانة، وهذا يمكن أن يؤدي إلى تحسين خواص المواد الطبيعية أو تدميرها تماماً.
