1- التكلفة: يتطلب تنفيذ نظام المعلومات المحاسبية عملية إنشاء وتركيب مما يحتاج إلى تكلفة عالية.
2- التدريب: يتطلب تدريب الموظفين على استخدام نظام المعلومات المحاسبية والتعلم الجيد له، وهو ما يتطلب وقتًا وموارد إضافية.
3- الاعتماد على التكنولوجيا: يعتمد نظام المعلومات المحاسبية بشكل كبير على التكنولوجيا والبرامج المختلفة، وقد يتعرض لمشاكل تقنية أو أخطاء في البرمجة.
4- الخطأ البشري: قد يحتوي نظام المعلومات المحاسبية على خطأ بسبب خطأ بشري في إدخال البيانات أو تحديثها، وهذا يمكن أن يؤدي إلى تداعيات سلبية.
5- القيود: يمكن أن تكون بعض نظم المعلومات المحاسبية محدودة بعدد معين من المستخدمين أو الإصدارات أو الوظائف، وهذا يمكن أن يؤثر على قدرتها على المواكبة والتطور.