1- تكلفة البناء: يمكن أن يكون بناء المسجد مكلفًا ويتطلب ميزانية كبيرة ، وفي بعض الأحيان قد لا يتم تمويلها بالكامل.
2- الخطر الاجتماعي: يمكن أن يتسبب بناء المسجد في الاشتباكات الاجتماعية والحساسية الدينية في بعض البلدان.
3- المكان: من الصعب في بعض الأحيان العثور على موقع مناسب لبناء المسجد قريبًا من المناطق السكنية ومؤخرًا وجدت بعض الدول بناء مساجد في مواقع يتم اعتبارها مقدسة لدى الأقليات الدينية الأخرى.
4- الصيانة: يتوجب تنظيف وصيانة المسجد بشكل دوري ، وهذا يمكن أن يكون مكلفًا ويتطلب جهودًا كبيرة.
5- الأثر الكبير على المنطقة المجاورة: يمكن أن يؤثر بناء المسجد على سلوك وأسلوب الحياة المحلي في المناطق المجاورة.