تعاني المحاسبة الحكومية في دولنا من العديد من المعوقات، ومن أبرزها:
1. الفساد الإداري: حيث يمكن أن يؤدي الفساد إلى تهريب الأموال العامة وتزوير المستندات المالية والمحاسبية.
2. النظام الحسابي: يتطلب العمل على نظام حسابي دقيق وشامل ومناسب للأنشطة الحكومية وفقًا للمعايير المحاسبية الدولية.
3. منهجية المحاسبة الحكومية: يجب أن تكون المحاسبة الحكومية مفاهيمها على معرفة بأن إيرادات الحكومة المرتبطة بأداء الوظائف العامة والنفقات المصرح بها.
4. التدريب اللازم: يواجه العاملون في المحاسبة الحكومية عادة نقصًا في التدريب المناسب لتعلم الجوانب النظرية والعملية في مجال المحاسبة الحكومية.
5. ضغوط العمل: تواجه المحاسبة الحكومية ضغوطًا عديدة، حيث يجب على المحاسبين تلبية الاحتياجات المختلفة للعملاء في وقت قياسي.