تؤثر العديد من المشاكل على الموارد المائية، وتشمل:
1- التلوث بالمواد الكيميائية الصناعية والزراعية والبيولوجية والنفايات المنزلية.
2- التدخل البشري البناء على الشواطئ والأنهار والمسطحات المائية الطبيعية، مما يسبب انسداد وتجميع المياه وتغيير تدفقات المياه والموائل المائية.
3- الاستخدام المفرط للمياه في الزراعة والصناعة والنقل والتطهير.
4- التغيرات المناخية، والتي تؤثر على التوزيع والتدفق النباتي للمياه المتاحة.
5- الزيادة في عدد السكان، والتي تزيد من الضغط على الموارد المائية.
6- إنشاء السدود وتغييرات الطريقة التي يتم بها تشكيل نهر ما، مما يؤثر على تدفقات المياه وحجمها وجودتها وتأثيرها على النظام الإيكولوجي.
7- إعادة توزيع المياه الجوفية الطبيعية واستنزافها بسبب الاستخدام الزراعي والصناعي والمدني.