تواجه التكتلات السياسية العديد من المشاكل الاقتصادية، ومن أهمها:
1- اختلاف الاقتصاديات الوطنية: حيث يمكن أن يختلف النمو الاقتصادي والأسعار والسياسات الاقتصادية بين الدول الأعضاء في التكتل، مما يؤثر على قدرة التكتل على اتخاذ القرارات الاقتصادية الموحدة.
2- عدم التوافق في السياسات والتشريعات الاقتصادية: فبعض الدول الأعضاء قد ترغب في تبني سياسات اقتصادية مختلفة عن الأخرى، مما يؤثر على قدرة التكتل على تحقيق الهدف الموحد.
3- الاعتماد الزائد على الأعضاء الرئيسيين: فبعض التكتلات السياسية تعتمد بشكل كبير على بعض الدول الأعضاء الرئيسية في النشاط الاقتصادي، وهذا يعني أنه إذا تأثرت هذه الدول بأزمة اقتصادية، فإن التكتل بأكمله سيتأثر.
4- الدول الأعضاء غير المتوافقة اقتصادياً: فبعض الدول الأعضاء قد تكون ذات اقتصادات ضعيفة أو متخلفة، مما يؤثر على قدرة التكتل على تحقيق التكامل الاقتصادي المطلوب.