لم يُذكر في التاريخ أي مرض أصاب أبو هريرة في نهاية حياته، إلا أنه كان يعاني من ضعف عام في جسمه، وقلة النشاط، وكثرة النوم، وذلك بسبب تقدمه في السن.
توفي أبو هريرة في دمشق سنة 59هـ، عن عمر ناهز 83 عاماً، وصلى عليه عثمان بن عفان، ودفن في مقبرة باب الصغير، في دمشق.