تطبيق نظام إدارة المصنع يمكن أن يتسبب في بعض المخاطر، منها:
1- عدم تصميم النظام بشكل جيد قد يؤدي إلى فشله في تحقيق الأهداف المرجوة.
2- عدم تدريب الموظفين على كيفية استخدام النظام قد يؤدي إلى تدني كفاءة الموظفين في إدارة المصنع.
3- الاعتماد الكامل على النظام وعدم وجود خطط للتحول إلى نظام جديد، مما يعني أنه يمكن أن يتم تجاهل استخدام أفضل الأدوات والتقنيات لإدارة المصنع.
4- عدم استبدال الأجزاء المهمة بانتظام قد يؤدي إلى زيادة فرص حدوث الأعطال والصيانة، الأمر الذي من شأنه أيضًا تقليل الإنتاجية.
5- عدم وجود إجراءات يجب اتباعها في حالات الطوارئ قد يؤدي إلى خسائر كبيرة في الموارد والوقت.