يمكن أن تواجه مشاريع هندسة التربة المائية مخاطر عدة، ومن أهمها:
1- الفيضانات الطويلة: وهي زيادة في منسوب المياه بجانب الأنهار والبحيرات والبحار، مما يؤدي إلى تجمع المياه على سطح الأرض وتدمير الممتلكات والبنى التحتية.
2- الفيضانات الغزيرة: وهي فيضانات سريعة الحدوث تحدث في فترة زمنية قصيرة نسبيًا، وتتسبب في حدوث أضرار بشرية ومادية كبيرة.
3- التصحر: وهو تدهور الأراضي وتحولها إلى مناطق صحراوية بسبب تغير المناخ ونقص المياه وسوء الإدارة.
4- تلوث المياه: وهو وجود مواد ضارة في المياه السطحية والجوفية، مما يؤثر على صحة الإنسان والحياة البحرية والنباتية.
5- الإنهيارات الأرضية: وهي تحدث نتيجة تغير الخصائص الطبيعية للتربة وظهور شروخ وانفجارات، مما يؤدي إلى انزلاق التربة وتحدث الإنهيارات الأرضية.