تصاحب التجارة الحرة بين الدول بعض المخاطر والتحديات، ومنها:
1- تجويع الأسواق الداخلية لدول معينة: يمكن أن تؤدي التجارة الحرة إلى تدفق أرخص السلع من الخارج بكميات كبيرة إلى دولة ما، مما يؤثر على الصناعات المحلية ويزيد من البطالة.
2- انتقال بعض الصناعات الى دول أخرى: يمكن أن تسبب التجارة الحرة انتقال بعض الصناعات إلى دول أخرى تتمتع بتكاليف إنتاج أقل، ويؤدي ذلك إلى تفقد بعض الدول لبعض قدرتها التنافسية.
3- الزيادة في الديون الخارجية: لتمويل استيراد السلع الأرخص يحتاج المستورد في بعض الأحيان إلى الاقتراض من الخارج، مما يزيد من الديون الخارجية للدولة.
4- اشتعال حروب تجارية: في حال عدم توفر شروط التجارة الحرة المنصفة، يمكن أن تعمل دول طرف من الصراع على تحطيم اقتصاد الدولة الأخرى عن طريق فرض قيود على تجارة سلعها، وهو ما يؤدي إلى حروب تجارية.