تشتمل المؤسسات الحكومية في إندونيسيا على العديد من الوزارات والهيئات والوكالات، ومن أبرزها:
1. الرئاسة: تشمل مكتب الرئيس ومؤسسات تابعة له.
2. البرلمان: يتكون من مجلس الشعب (المجلس الوطني للتشريع) ومجلس الشيوخ (المجلس الوطني الاستشاري).
3. وزارة الدفاع: المسؤولة عن الأمن الوطني والدفاع العسكري.
4. وزارة الخارجية: المسؤولة عن الشؤون الدبلوماسية والعلاقات الخارجية.
5. وزارة الداخلية: المسؤولة عن الشؤون الداخلية والحكم المحلي.
6. وزارة المالية: المسؤولة عن الشؤون المالية والميزانية.
7. وزارة التعليم والثقافة: المسؤولة عن التعليم والثقافة والبحث العلمي.
8. وزارة الصحة: المسؤولة عن الشؤون الصحية والرعاية الصحية.
9. وزارة النقل: المسؤولة عن النقل والبنية التحتية.
10. وزارة الطاقة والثروة المعدنية: المسؤولة عن الطاقة والثروة المعدنية والتعدين.
هذه بعض المؤسسات الحكومية في إندونيسيا، وهناك المزيد من الوزارات والهيئات والوكالات الأخرى التي تعمل في مختلف المجالات.