قد تنشأ بعض العيوب والمشكلات عند استخدام الإدارة الكمية في المدرسة، ومن هذه العيوب:
1. القدرة المحدودة على تحليل الأداء الكمي: إدارة الكمية قد تولد تحليلات عديدة عن الأداء الطلابي، ومن الصعب فهمها بشكل صحيح، وذلك لعدم وجود استجابة في التقييم الكمي.
2. فقدان العنصر البشري: من الممكن أن تركز إدارة الكمية على الأرقام الكمية في حسابات العمليات المدرسية، ويؤدي هذا التركيز المفرط إلى فقدان العنصر البشري من المعادلة، وهو الطلاب والمعلمون.
3. القيود الممكن أن تؤثر على الإبداع: قد تفرض الإدارة الكمية قيودًا على المعلمين والطلاب حول طرق التعليم والتعلم، وهذا يمكن أن يضر بالإبداع.
4. تأثيرها على النظام التعليمي: يجب أن يتم استخدام الإدارة الكمية بشكل سليم ومتوازن، ويجب ألا تؤدي إلى تعزيز نظام تعليمي صلب وغير مرن، الأمر الذي قد يؤدي إلى اضطرابات في التعليم.
5. عدم قدرتها على التعامل مع التحديات النفسية: من الممكن ألا يكون الأداء الكمي هو الحل الأمثل لبعض المشاكل النفسية الخاصة بالطلاب، مما يتطلب تطبيق طرق أخرى لتحسين المعيشة النفسية الإيجابية للطلاب.