تحدد العوامل التي تؤثر على موارد المياه في الأنظمة البيئية المائية عدة عوامل، منها:
1- الكمية الهاطلة من الأمطار والثلوج.
2- علوم الأنهار والينابيع.
3- تضاريس البلاد والتضاريس الجيولوجية.
4- الجفاف ودرجات الحرارة العالية.
5- النشاطات الإنسانية وانتشار المدن والمصانع والزراعة.
6- تغيرات المناخ مثل زيادة الحرارة وتغير الأنماط المطرية.
7- التلوث بمختلف أنواعه العضوية والكيميائية والحرارية.
8- تدفق المياه الجوفية.