تواجه العلماء العديد من العقبات في دراسة الآثار، ومن بين أهم هذه العقبات:
1- الحفاظ على الآثار والمواقع التاريخية: تحتاج الآثار والمواقع التاريخية إلى الحفاظ عليها وحمايتها من العوامل الخارجية كالتلف والتدهور والأعمال الانتهاكية، والتي تتطلب جهود كبيرة، موارد مالية وبشرية.
2- قيود الوصول إلى المواقع: قد تواجه الدراسات الآثارية صعوبة في الوصول إلى المواقع نتيجة للقيود الحكومية أو الأمنية أو البيئية.
3- قلة الموارد والتمويل الداعم: يقتصر التمويل المخصص لدراسات الآثار في بعض الأحيان على بحث واحد أو مشروع قصير، مما يعيق عمل العلماء ويعوق الكشف عن قطع أثرية جديدة.
4- تدمير المواقع بسبب الصراعات المسلحة: يتسبب الصراع المسلح في الدمار الحاصل للمناطق المحيطة بمواقع الآثار، وتدمير الأثريات والآثار الهامة الموجودة داخل المناطق المتضررة.
5- الفساد والسرقة: قد تواجه الدراسة الآثارية مصاعب كبيرة نتيجة للاهتمام الزائد بالأثريات والتراث الذي يؤدي إلى الفساد والسرقة، كما أن عمليات السرقة تؤدي إلى فقدان الكثير من الأثار والتاريخ.