يتم استخدام العديد من الطرق والتقنيات لتحضير العلامات الجزيئية في الأحياء البحرية، وتشمل بعض هذه الطرق:
1- الفلورسنس (Fluorescence): حيث يتم تشكيل سلسلة من الحمض النووي المعنون بالفلورسنت أو الأجزاء البروتينية ذات الفلورسنس، وتدخل ضمن تركيب البروتين في غرض التحليل المستمر.
2- الكروماتوغرافيا السائلة الفائقة الكفاءة (HPLC): وتنقية البروتين الذي يستخدم في التحليل بواسطة التحول الكروماتوغرافي المرتبط بتقنية اطلاق الليزر الفلوريسنت.
3- التصوير والملاحظة الدقيقة باستخدام المجهر: حيث يتم استخدام المجهر المنتشر الساتلدثليت (STM) أو المجهر الالكتروني الماسح (SEM) للتحليل والتشخيص.
4- الهايبروكرومية: وهي تقنية يتم فيها استخدام الإضاءة المنبعثة من ضوء الليزر لتلوين الخلايا، وتحليلها باستخدام التحول الكروماتوغرافي.