هناك العديد من الطرق المستخدمة في تحضير الجزيئات الحيوية في الكيمياء الفوق جزيئية، ومن أهمها:
1- الترسيب الذاتي Self-Assembly: حيث يتم تحضير المكونات الحيوية الصغيرة (مثل الحمض النووي، الريبوزومات، الفيروسات الصناعية) وتتفاعل معًا لتكوين جزيئات أكبر وأكثر تعقيدًا.
2- التحليل النووي: حيث يتم تحليل الأحماض النووية الضخمة إلى قطع صغيرة تشبه الشرائح، ويتم إعادة تجميعها بعد ذلك لتشكل جزيئات حيوية.
3- تجليد البروتين: يتم استخدام تقنية تجليد البروتين لتحضير جزيئات حيوية مثل المضادات الحيوية والأجسام المضادة والإنزيمات.
4- تقطير السوائل الأيونية: تستخدم السوائل الأيونية لتحضير جزيئات حيوية مثل البروتينات والدنا والرنا.
5- تقنية البلورات: تستخدم هذه التقنية لتحضير جزيئات حيوية مثل البروتينات والأحماض النووية عن طريق تشكيل بلورات كبيرة وتحليلها بعد ذلك.