هناك طرق عديدة لتخزين الأجنة ، وتشمل:
1- التخزين في السائل المبرد (-196 درجة مئوية): وهو ما يعرف بالتخزين في النيتروجين السائل. يتم حفظ الأجنة في أنابيب صغيرة مصنوعة من مواد مقاومة للبرودة والتشققات. يحفظ الأجنة في النيتروجين السائل لمدة غير محدودة.
2- التخزين في المجمد (-80 درجة مئوية): وهي طريقة تستخدمها بعض المختبرات لتخزين الأجنة. وتتمثل في حفظ الأجنة في الأنابيب مع الحفاظ على درجة حرارة -80 درجة مئوية.
3- التخزين في الحاويات المختومة: وهي طريقة تستخدمها بعض المختبرات لتخزين الأجنة لفترة قصيرة. وتتمثل في وضع الأجنة في الأنابيب ووضعها في حاويات مخصصة مع الحفاظ على درجة حرارة منخفضة.
4- التخزين في السائل المثبت (-80 درجة مئوية): وهي طريقة تستخدمها بعض المختبرات لتخزين الأجنة لفترة قصيرة. وتتمثل في حفظ الأجنة في الأنابيب في السائل المثبت عند درجة حرارة -80 درجة مئوية.