تصنف الأحياء البحرية حسب أفرادها إلى مجموعات مختلفة باستخدام طرق متعددة، ومن بين هذه الطرق:
1- التصنيف الطبقي: وهو يستند إلى تصنيف الأحياء البحرية حسب صفاتها الشكلية والوظيفية والتشريحية، ومن ثم يتم تقسيمها إلى مجموعات فرعية، ويمكن تصنيفها إلى فصائل ورتب وطوائف وفوق ذلك إلى ممالك.
2- التصنيف الجيني: وهو يعتمد على تصنيف الأحياء البحرية حسب الصفات الوراثية والجينية، ومن ثم يتم تقسيمها إلى مجموعات فرعية حسب الأنواع والأجناس والعوائل.
3- التصنيف العلومي: وهو يعتمد على تصنيف الأحياء البحرية حسب مجالات الدراسة العلمية المختلفة مثل علم الأحياء وعلم العوالم وعلم البحار وعلم الأحياء البحرية وغيرها، ويتم تقسيمها إلى مجموعات فرعية حسب النطاقات العلمية المختلفة.