تعتبر عمليات التعرف على الأحياء البحرية العميقة من أصعب المهام العلمية، وذلك يعود إلى عدد من الصعوبات الخاصة بهذه المهمة منها:
1- الضغط العالي: تعيش الأحياء البحرية العميقة في ظروف ضغط عالية تتراوح بين 200 و 1000 بار، مما يجعل النزول للعمق البحري صعباً وخطيراً.
2- انخفاض درجة الحرارة: تتراوح درجة الحرارة في العمق البحري بين 2-4 درجة مئوية، وهذا يجعل البقاء لفترات طويلة في العمق صعباً ومحدوداً.
3- ندرة المصادر الغذائية: يوجد قليل من المصادر الغذائية في الأعماق البحرية العميقة، وبالتالي فإن الأحياء البحرية العميقة يجب أن تجاهد من أجل العثور على غذاء كافٍ للبقاء على قيد الحياة.
4- العتمة: بسبب قلة الضوء في الأعماق البحرية العميقة، تعتمد الأحياء البحرية العميقة على العديد من الحواس الخاصة لإدراك البيئة المحيطة بها.
5- ندرة الموارد المالية والتكنولوجية: يتطلب العثور على الأحياء البحرية العميقة استخدام التكنولوجيا الحديثة والمتقدمة، وهذا يتطلب توافر موارد مالية كبيرة وفريق علمي وتقني متخصص في هذا المجال.