تحليل البيانات الضخمة يواجه العديد من الصعوبات، بما في ذلك:
1- عدم قدرة تقنيات التحليل التقليدية على مواكبة حجم البيانات الكبيرة.
2- صعوبة تحليل البيانات غير المنظمة والغير مهيأة، مثل الصور ومقاطع الفيديو.
3- عدم وجود معايير واضحة لقياس دقة النتائج.
4- صعوبة التعامل مع الأخطاء والتشويش في البيانات.
5- الصعوبة في العثور على العلاقات والاتجاهات الفعلية في البيانات الكبيرة، وذلك بسبب عدم وجود معلومات كافية حول السياقات المختلفة التي يتم جمع البيانات منها.
6- التعامل مع التغيرات السريعة في البيانات الكبيرة، مثل التغيرات الجوهرية في المستخدمين أو في الأسواق.