تواجه الإدارة الوُسطى في إدارة المؤسسة العديد من الصعوبات ومنها:
1- عدم وجود قدرة على تحديد الأولويات وإدارة الوقت بشكل فعال.
2- صعوبة التواصل بشكل فعال مع الموظفين في جميع الإدارات.
3- عدم وجود رؤية واضحة للمستقبل والأهداف الاستراتيجية للمؤسسة.
4- صعوبة التعامل مع التغييرات الجديدة والمتغيرات في البيئة الداخلية والخارجية.
5- صعوبة التحكم في التكاليف والميزانية والحفاظ على التوازن المالي.
6- عدم وجود التكنولوجيا والأدوات الضرورية لتيسير العمل وتحقيق الكفاءة في الأداء.
7- صعوبة تحفيز الموظفين وتطوير مهاراتهم وتحسين أدائهم.
8- عدم وجود نظام شامل للإدارة والتنظيم يضمن توجيه الأداء والتحكم في العمليات بشكل فعال.