هناك العديد من الجراثيم الموجودة في المستشفيات، والتي تشمل:
1. بكتيريا المكورات العنقودية (Staphylococcus): وتشمل بكتيريا المكورات العنقودية المقاومة للميثيسيلين (MRSA) التي تعتبر من أكثر الجراثيم المقاومة للمضادات الحيوية والتي يمكن أن تسبب عدوى خطيرة.
2. بكتيريا العنقوديات الذهبية (Streptococcus pyogenes): وتسبب هذه البكتيريا العديد من الأمراض مثل التهاب الجلد والتهاب الحلق.
3. بكتيريا الإشريكية القولونية (Escherichia coli): وتوجد هذه البكتيريا في الغالب في الأمعاء وتسبب عدوى الجهاز البولي والجهاز الهضمي.
4. بكتيريا البروسيلا (Brucella): وتسبب هذه البكتيريا مرض البروسيلوز الذي ينتقل عن طريق الحيوانات المصابة.
5. بكتيريا البنتاتوس (Pseudomonas): وتسبب هذه البكتيريا العديد من العدوى المستشفياتية، وتكون مقاومة للعديد من المضادات الحيوية.
إضافة إلى ذلك، هناك العديد من الفيروسات والفطريات والطفيليات الأخرى التي يمكن أن تكون موجودة في المستشفيات.