تواجه عملية قياس وتقييم المسطحات المائية الداخلية التحديات الهيدرولوجية والهندسية التالية:
1- التصميم الهندسي: يتطلب القياس والتقييم الدقيق للمسطحات المائية الداخلية تصميمًا هندسيًا شاملاً يحتوي على شبكة متكاملة من الأجهزة السليمة والمعدات المتطورة للحصول على بيانات دقيقة.
2- التأثيرات الطبيعية: بسبب تأثيرات الظواهر الطبيعية المتغيرة مثل الرياح والمد والجزر والأمواج والتغيرات في درجة الحرارة والضوء، قد يتأثر القياس والتقييم الدقيق للمسطحات المائية الداخلية.
3- الحاجة إلى تقنية التصوير المثلى: قد يتعين استخدام تقنية التصوير المثلى للوصول إلى عمق المياه ومعلومات أخرى مهمة، مما يتطلب تقنيات التصوير على عمق عالٍ ومعدات مُغمرة.
4- الحاجة إلى المعرفة الكاملة بالجيوماتكس: يتطلب العمل على قياس وتقييم المسطحات المائية الداخلية العمل الدقيق مع المتغيرات الموجودة في بيئة البيانات الجيوماتكية، مما يتطلب الحصول على بيانات دقيقة وشاملة عن الموقع المستهدف والامتداد الفعلي للمسطحات المائية.