تتضمن التحديات المرتبطة بالبرمجة اللغوية العصبية ما يلي:
1- الحصول على مجموعة كبيرة ومتنوعة من البيانات – بما في ذلك النصوص والكلام والصور والفيديوهات – لتدريب النماذج اللغوية العصبية.
2- فهم التراكيب اللغوية المعقدة والتي تشمل العديد من العوامل مثل الرموز، المفردات، المعاني، القواعد النحوية والصرفية، والترجمة الآلية.
3- التعامل مع التحديات الدقيقة للغة، مثل القاب الألقاب، والنكات، والتعابير الشائعة ، والتي تحتاج إلى تعلم العوامل الثقافية والاجتماعية والتاريخية.
4- إدارة التغير والتطور في اللغة مع مرور الوقت، ومع التأثيرات الثقافية والاجتماعية.
5- دمج التكنولوجيا والتصميم الإنساني في إطار اللغة العصبية لتحسين وتسهيل تجربة المستخدم وإتاحة النجاح في الاعتماد على هذه التقنية.
6- توفير الحماية القوية للبيانات لحمايتها من الاختراق الإلكتروني والاستخدام غير المشروع للبيانات الشخصية.