تطبيقات الهندسة البيولوجية في علم النبات تواجه عددًا من التحديات ، بما في ذلك:
1- الحدود التقنية: تزامن تطور الهندسة البيولوجية مع تطور التكنولوجيا والأجهزة، لذلك قد تكون معدلات تقدم تطبيقات الهندسة البيولوجية بطيئة.
2- القوانين الحكومية: تنطبق بعض القوانين الحكومية العالمية التي تنظم استخدام الكائنات الحية المحورة عليها قيود على التطبيقات الهندسية البيولوجية في علم النبات.
3- المعرفة المحدودة: مع زيادة التعقيد البيولوجي للعمليات المراد تحسينها ، فإن هناك مستوى ضخم من الاكتشاف السلوكي والبيولوجي والوظيفي اللازم لتطوير تطبيقات هندسة النبات.
4- الجوانب الأخلاقية: ينبغي أن ينتبه للتأثيرات الأخلاقية لتطبيقات الهندسة البيولوجية في النباتي فيما يتعلق بالناس والبيئة.
5- توافر الموارد: تطبيقات الهندسة البيولوجية في النبات تتطلب موارد بشرية ومالية كبيرة، ويجب أن تكون هذه الموارد متاحة لتحقيق النتائج المطلوبة.