تتضمن التحديات الرئيسية المرتبطة بالتجارة الداخلية ما يلي:
1- قلة البنية التحتية وانعدام الاتصالات الموثوقة والمستمرة في مناطق نائية.
2- تدني مستوى الجودة والمواصفات في بعض المنتجات.
3- ارتفاع تكاليف النقل والتوزيع في بعض المناطق، مما يؤدي إلى زيادة تكاليف الإنتاج والتجارة.
4- الفساد وعدم الاستقرار السياسي والاقتصادي في بعض الدول، مما يؤثر على الثقة في السوق ويجعل النمو الاقتصادي أكثر صعوبة.
5- مشاكل التشريعات والسياسات الحكومية الغير واضحة المعالم التي قد تؤثر على التجارة الداخلية مثل الزكاة وضريبة القيمة المضافة.
6- توافر المنتجات المستوردة بأسعار منخفضة قد تؤدي إلى تقليص حجم التجارة الداخلية وعدم القدرة على المنافسة.
7- الحركات والحروب في مناطق الصراع قد تؤدي إلى تعطيل النقل والتداول.