تواجه هندسة التعدين عدة تحديات، ومن أهمها:
1- توفير الأمن والسلامة في المواقع الحرجة والخطرة.
2- قدرة التكنولوجية والاتصالات على التعامل مع البيانات الكبيرة والتجهيزات والمعدات الثقيلة.
3- تحديات العمل على المواقع النائية والتضاريس الصعبة.
4- التعامل مع مختلف الخامات والمواد والمعادن والتعدين بآمن وصحي.
5- تحقيق الاستدامة والحفاظ على البيئة والتأثير الصحي والبيئي لأعمال التعدين.
6- التعامل مع متطلبات الحكومات والقوانين واللوائح البيئية والاجتماعية.
7- توفير الاستثمارات والشراكات والإمكانيات اللازمة لتحسين الأداء وتقليل التكلفة.