علم المحاريات يواجه العديد من التحديات في المستقبل، بعض هذه التحديات هي :
1- التأثيرات البيئية: تتسبب التلوث وتغير المناخ والتغيرات في درجة حرارة المياه في التأثير على الأحياء المائية ويؤثر في توزيع الأسماك والمحاريات.
2- الزيادة السكانية والحاجة إلى مصادر الغذاء: يزداد الطلب على الأسماك والمحاريات وهذا يؤدي إلى زيادة الصيد التجاري والصيد الرياضي ويؤثر على موارد الأحياء المائية.
3- التعديات البشرية: تتمثل هذه التحديات في زيادة النشاط السياحي والتنمية الساحلية والإزالة المدنية والزراعية التي تؤدي إلى تدمير الموائل الطبيعية للمحاريات.
4- تطور التكنولوجيا: يمكن أن تستخدم التكنولوجيا المتقدمة في الصيد والتربية الاصطناعية للمحاريات، ومن الضروري مواكبة هذا التطور والبحث عن طرق جديدة لحماية هذه الأحياء المائية والحفاظ على تنوعها البيولوجي.