يواجه علم الاجتماع التاريخي في دراسة الثقافة عدة تحديات، منها:
1- صعوبة الوصول إلى مصادر التاريخ والأدلة الثقافية القديمة والنادرة.
2- تحديات في تحديد ما هي العناصر الثقافية الأساسية التي ينبغي دراستها وكيفية قياسها وتحديد مستوياتها المختلفة.
3- التحديات الناتجة عن التعارض بين قيم ثقافية مختلفة وتأثير ذلك على دراسات الأنماط الاجتماعية.
4- التحديات المتعلقة بتكرار الدراسات السابقة أو تكرار قياس المعايير المعتمدة في تقييم القيم الثقافية.
5- صعوبة تطبيق النظرية الاجتماعية التاريخية وإثبات صحتها في الواقع وتفهم مدى تأثير الحوادث التاريخية في تشكيل الثقافة والأنماط التاريخية.